結論から言えばどちらでも良いと思います。

自分のロボットに適したトルク、速度が使えるものを選択するのが良いでしょう。

違いは
ダブルギアボックスは4種類ギア比が選べます。
ツインモータギアボックスは2種類のギア比です。

ただダブルギアボックスの方が取り付け幅が広いためタミヤのユニバーサルプレートに取り付けようとするとはみ出るので工夫が必要になります。

車型、クローラ型であれば100以上の比率で減速すると良いかと思います。