サンプルプログラムの設定では
GPIO28-SCIRXDA
GPIO29-SCITXDA
の設定になっていますのでプログラム変更無しに使いたい場合は
拡張コネクタから信号線を引き出しRS232Cなどに変更して使ってください。
その場合はCPUボードPG1のブリッジをカッターかなにかで配線を断ってください（切らなくても動く場合は多いですが念ため）。
他のピンにシリアルピンをアサインしたい場合は以下ファイル
DevInit_F2803x.c
のSCIの割当できるピンの記述を変更してください。