正直、どういった状況が重なるとそうなるのか、現状不明です。
コンフィグレーションファイル自体は、サンプルプログラムに直接添付されていますので、設定を別に後から作る必要もありませんので、あらかじめ作ってあるファイルをそのまま使ってもらえれば大丈夫ではないかと思われます。

原因として考えられるのはアンインストールが不完全であった可能性があります。
コントロールパネルからアンインストールを行ってもファイルが残るときがあります、
デフォルトでインストールすると以下
\Progaram files\Texas Instruments
のフォルダが残りますから、アンインストール後に手動で削除してください。
それから、再インストールされることをお勧めします。