とても時間がかかってしまってしまいました。
いろいろとエンコーダをもっと賢く検出したり、2個3個のプログラムを書こうと思っていたのですが時間かかってしまいましたので

とりあえず
http://www.f-palette.org/sample/2423/
で1エンコーダのパルスだけカウントは可能です。
また追々アップしていきます。